Орган, установленный напротив алтарной части собора, построен в 1898 г. предприятием Вильгельма Зауэра - одной из крупнейших органостроительных фирм Германии. Изначально инструмент был установлен в московской лютеранской церкви святого Михаила. После её закрытия в 1928 году перенесен в Донской монастырь, где нес на себе печальную миссию в зале крематория до 1972 года.
В конце 2005 – начале 2006 г. капитальный ремонт органа осуществил мастер Райнхардт Хюфкен из Хальберштадта (Германия), имеющий большой опыт в восстановлении романтических инструментов. Были обновлены все кожаные детали, реставрированы кафедра, поломанные трубы. Кроме того, орган получил новый вентилятор. При этом была сохранена и отреставрирована историческая воздухонагнетательная система, позволяющая пользоваться органом без электричества.
В настоящее время орган звучит как во время богослужений, так и на концертах. Уникальная акустика собора позволяет в полной мере насладиться звучанием одного из немногих сохранившихся в России органов девятнадцатого столетия.
Диспозиция органа W.Sauer, op.755, 1898
| I Manual | II Manual | III Manual | Pedal |
| Bordun 16’ | L.Gedackt 16’ | Quintatoen 16’ | Violon 16’ |
| Principal 8’ | G.Principal 8’ | Spitzfloete 8’ | Subbass 16’ |
| Gamba 8’ | Consertfloete 8’ | L.Gedackt 8’ | Gedacktbass 16’ |
| Floete 8’ | Quintatoen 8’ | Salizional 8’ | Octave 8’ |
| Gedackt 8’ | Dolce 8’ | Aeoline 8’ | Violoncelle 8’ |
| Viola d’amour 8’ | Gemshorn 4’ | Voix-céleste 8’ | Floete 4’ |
| Octave 4’ | Traversfloete 4’ | Flauto dolce 4’ | Posaune 16’ |
| Rohrfloete 4’ | Mixtur 4f | ||
| Cornett 3-5f | Clarinette 8’ | ||
| Trompete 8’ |
|
Coppeln: Collectivzugen: |
Spielhilfen: Schweller III, Walze |
Орган имеет три мануала, педаль, пневматическую игровую и регистровую трактуры, виндлады системы кегельладе. |
